Geshe Pema Dorjee syntyi vuonna 1951 Tiibetin rajan lähellä sijaitsevassa Shillongissa. Hän kävi vuosina 1963-1973 Hänen Pyhyytensä Dalai-laman perustamaa Tibetan Homes Foundationin koulua. Tämän jälkeen hän opiskeli Institute of Buddhist Dialectics -koulussa, jonka Dalai-lama ja Lobsang Gyatso perustivat yhdessä Dharamsalaan. Geshe Pema Dorjee suoritti perustutkintoa ja kahta ylempää korkeakoulututkintoa vastaavat Prajnaparamitan eli Viisauden täydellisyyden ja Madhyamikan eli Keskitien filosofian tutkinnot kahdeksassa vuodessa.

Vuosina 1981-1997 Pema Dorjee omistautui Dharamsalassa sijaitsevalle tiibetiläisen lastenkylän koululle. Hän aloitti tiibetinbuddhalaisuuden, tiibetin kielen ja kulttuurin opettajana ja vuonna 1990 hänestä tuli koulun rehtori.

Vuonna 1995 jatkuneiden buddhalaisen filosofian opintojen tuloksena hän sai geshen arvon Drepung Loselingin luostarista. Tiibetinbuddhalaisessa koulutuksessa tämä on korkein arvo ja vastaa filosofian tohtoria. Pema Dorjee on yksi harvoista buddhalaisista geshe-tutkinnon suorittaneista, jotka puhuvat sujuvaa englantia.

Pema Dorjee nimitettiin sitten rehtoriksi tiibetiläisten opettajankoulutuskeskukseen (Tibetan Teachers Training Centre), jossa virassa hän toimi kaksi vuotta. Sitten hänet pyydettiin ensimmäiseksi rehtoriksi Institute of Buddhist Dialectics -kouluun Sarahiin. Nykyään koulu toimii nimellä College of Higher Tibetan Studies Sarah. Vuosina 1997-2002 hän oli vastuussa College for Higher Tibetan Studies -koulusta.

Geshe Pema Dorjee huomasi, että keskeisenä osana tiibetinbuddhalaisuutta oleva Bodong-traditio oli häviämäisillään. Tradition kirjoituksia oli vaikea löytää eikä niiden kieliasu ollut nykyaikainen. Vuonna 2001 hän esitti Dalai-laman audienssilla käsityksensä siitä, miten bodong-traditiota voitaisiin elvyttää ja edistää. Dalai-lama antoi neuvoja, opastusta ja myöhemmin varoja projektiin. Vuonna 2003 Geshe Pema Dorjee perusti Bodong Research and Publication Centerin Dharamsalaan.

Tiibetin pakolaishallitus on osoittanut Pema Dorjeelle kunnioitusta pyytämällä häntä ryhtymään erilaisiin tehtäviin. Pakolaishallitus nimitti hänet Higher Level Textbook Review -komiteaan (korkeampi kirjojen tarkistuskomitea). Dalai-lama on nimittänyt hänet julkisten palveluiden komission (Public Service Commission) jäseneksi. Terveysministeriö nimitti hänet entisten poliittisten vankien henkiseksi neuvonantajaksi, joita oli kidutettu.

Pema Dorjee on tavallisena munkkina on ottanut vastuulleen eri hyväntekeväisyysjärjestöjen organisoimisen, johtamisen ja varojen keräämisen. Hän auttoi Bodong-tradition buddhalaisen luostarin perustamisessa Nepaliin. Hän on myös Nepalissa toimivan orpokodin Bright Horizon Children’s Homen edunvalvoja. Hän on organisoinut ja johtaa eri sosiaalityöprojekteja etenkin Nepalin ja Intian syrjäkylissä Nepalissa ja Intiassa. Projekteihin kuuluu koulujen perustaminen, sillan rakentaminen syrjäkylään, Nepalin ja Intian syrjäkylissä asuvien sairaiden ja vammaisten ihmisten tuominen sairaalahoitoon New Delhiin. Hän uusimpiin projekteihinsa kuuluu asiantuntijoiden ja laitteiden tuominen Israelista, Norjasta ja Ruotsista Nepalin syrjäkyliin nykyaikaisten maanviljelymenetelmien kehittämiseksi.

Vuodesta 1997 lähtien Pema Dorjee on luennoinut ja opettanut eri maissa mukaan lukien Belgia, Englanti, Israel, Norja, Ranska, Ruotsi, Saksa, Suomi, Sveitsi, Englanti, Sveitsi, Viro ja Yhdysvallat.

Pema Dorjee on vieraillut Suomessa säännöllisesti vuosittain vuodesta 2004 lähtien.